Период фашистской оккупации был одним из самых страшных в многовековой истории Скидельщины. Для большинства евреев местечка трагедия началась в первый же день войны. Эвакуироваться удалось лишь немногим, так как события развивались настолько стремительно и неожиданно, что многие жители Скиделя даже опомниться не успели, как их родные места были захвачены немецкой армией. Центр местечка, где проживали преимущественно евреи, от взрывов бомб и пожаров превратился в руины и пепелища. Большинство еврейских семей оказались бездомными.

 
 
Еврейское большинство
 
Начиная с XIX века, Скидель приобрел облик еврейского городка. Это во многом было связано с тем, что в XIX – начале XX веков большую роль в промышленной жизни Скиделя сыграли местечковая еврейская диаспора. Еврейские предприниматели стали главным двигателем в развитии местной экономики. Шинкарство являлось одним из главных источников дохода. В Скиделе насчитывалось 70 торговых предприятий и 20 промышленных (в большинстве кожевенных). 
После советско-польской войны 1919 – 1920 гг. Скидельщина оказалась в составе польского государства. Скидель стал центром гмины в Гродненском повете Белостокского воеводства.
Территория Скидельской гмины составляла 206 кв. км. В Скиделе и гмине было 12 общеобразовательных государственных школ и 4-классная еврейская школа, участок полиции, магистрат, гмина, городской суд, почта и телеграф. В Скиделе открылась районная больница, работал банк «Стэфчика», «Еврейский народный банк» и «Еврейский купеческий банк». Действовали общественные организации.
В 1921 году польские власти провели перепись населения. По ее итогам в Скиделе насчитывалось 388 помещений и 2 907 жителей (1 371 мужчин и 1 536 женщин). Большинство в местечке составляли евреи – 1 996 человек, поляков насчитывалось 504, белорусов – 359, россиян – 35, татар – 11, литовец, украинец. Отношение к евреям польских властей было не самым лучшим. Эстер Шевах-Орлова, жительница Скиделя, вспоминала: «До 1939 года отец занимался частной бухгалтерской работой и, вероятно, политикой, так что мы едва не погибли в сентябре 1939 года перед самым приходом Красной Армии. Польская дефензива старалась истреблять всех неугодных. Отец ушел в подполье, его спрятали, а перед домом, где мы снимали квартиру, выстроилась цепочка солдат с гранатами, и офицер отдал команду: «Дом Шевахов – в капусту». Нас из дома не выпускали, и спасло только то, что, пока эвакуировали из дома остальных жильцов, в конце улицы показались танки Красной Армии».
 
Жестокий указ
 
Резкие изменения произошли в среде еврейского населения с началом Второй мировой войны. С 27 июня 1941 года до 14 июля 1944 года Скидель находился под немецкой оккупацией. С первых же дней нацисты создали в нем еврейское гетто, просуществовавшее до февраля-марта 1943 года.
К 12 июля немцы сформировали гражданскую администрацию и вспомогательную полицию. Мало что известно о гражданских лидерах-коллаборационистах Скиделя, которые были подчинены немецкой гражданской администрации под руководством амтскомиссара фон Плетца в Гродно.
Немцы и их пособники немедленно начали преследовать евреев и ввели антиеврейские меры в Скиделе. Согласно первому указу немецкого военного командующего, еврейское население Скиделя обязано собраться на главной площади, посмотреть, как немецкие солдаты используют танк, чтобы опрокинуть статую Ленина. Тогда немцы приказали евреям разбить статую на мелкие кусочки, собрать обломки в руки, построить колонну и устроить имитацию захоронения в реке Скиделка. По словам одного историка, ведущую роль в унижении и жестоком избиении евреев во время «обряда захоронения» сыграла вспомогательная полиция. Выживший еврей Ефрим Лозовский утверждает, что, увидев, как немцы жестоко избили нескольких известных евреев во время похоронной процессии, он сбежал в Минск, где попал в городское гетто. Вскоре немцы приказали евреям Скиделя носить желтые отличительные знаки в форме звезды Давида и создать Еврейский совет (юденрат). О его составе известно немного. В июне 1942 года секретарем юденрата был Аушберг. Кроме того, фашисты запретили евреям покидать пределы Скиделя.
 
Скотские условия
 
Летом 1941 года немцы экспроприировали принадлежавшие евреям заводы Скиделя. Но вполне вероятно, что они дистанцировались от продолжающегося там антиеврейского насилия, даже несмотря на то, что сами потворствовать ему, позволяя вспомогательной полиции терроризировать евреев. По рассказу еврейки, бежавшей из Виленского гетто и оставшейся на ночь в Скиделе, немцы «очень хорошо обращались с евреями Скиделя». Они разрешили им заниматься своим ремеслом и даже позволили еврею по фамилии Шульман управлять от их имени своей бывшей фабрикой. Однако она отметила, что местные поляки «пытают» евреев «при каждой возможности», и в результате они «перенесли много лишений». Однако это не соответствовало действительности, потому что немцы забирали всю продукцию, которая производилась на предприятиях, ранее принадлежавших евреям. 
 Через несколько месяцев после установления оккупационного режима еврейское население согнали за колючую проволоку на территорию бывшего военного городка. Центр города, где в основном жили евреи, фашисты превратили в пепелище. Еврейские семьи, оставшиеся без крыши над головой, приютили местечковые белорусы. Свидетели тех жутких событий рассказывают, что шесть деревянных домов не смогли всех вместить, поэтому многие оставались под открытым небом, наспех копали землянки. К осенним холодам, вызвавшим болезни, добавился страшный голод, и люди были доведены до изнеможения. Выжить удалось единицам.
Евреи в Скидельском гетто, несомненно, работали на самых разных работах, но сохранившиеся документы подтверждают только их работу весной и летом 1942 года в дорожно-строительных бригадах или гауптвахтах, привозе брусчатки и асфальтировании дорог в Скиделе и от Скиделя до Гродно.
Условия в гетто были ужасными, питание было скудным. От недоедания, холода многие евреи Скиделя зимой 1941-1942 годов болели. Была высокая смертность. Евреи продолжали подвергаться грабежам и избиениям со стороны местной вспомогательной полиции. По данным одного источника, пьяные полицейские, в том числе Константин Мозолевский, проникали в гетто и без разбора стреляли в его жителей, особенно женщин и детей.
 
По воле случая
 
Были случаи помощи евреям со стороны скидельчан, однако фашисты всячески пресекали это, запугивали, угрожали жестокой расправой. Тем не менее, Федор Гайко, фермер из села Глиняны, спрятал и накормил еврея, сбежавшего из гетто. Однако как только тот покинул деревню, по дороге к лесу его поймали, жестоко избили, а затем расстреляли. Беглец не выдал человека, который ему помог, и это спасло жизнь Федору Гайко и его семье. Еврейские пленники не хотели смиренно ждать смерти. В лагере Колбасино, куда свозили также и скидельских евреев, была создана подпольная группа сопротивления. Ее участники готовили заключенных к побегу. Некоторым удалось бежать и найти партизан.
Одним из тех, кому удалось бежать, был Арон Олех. О побеге он вспоминал следующее: «Помог случай. Немцы повесили объявление о том, чтобы узники, у которых дома осталось золото и другие драгоценности, сдали их Германии. Папа решил, что это шанс для побега. Его вместе с другими евреями вывели из гетто. Папа стал отставать и, оказавшись последним, начал внимательно следить за каждым движением конвоира. В какой-то момент из магазина вышло много людей, немец на что-то засмотрелся. В ту же секунду папа вывернул пиджак наизнанку, чтобы скрыть желтые латы, которыми метили евреев, и успел нырнуть в толпу. Хотелось бежать, оглянуться или хотя бы ускорить шаг. Но он шел медленно и удивлялся, что всё еще жив...».
 Те, кто по счастливой случайности смог сбежать из гетто, мужественно сражались с фашистами до конца войны. Группе из 26 еврейских беженцев удалось продержаться в окрестностях Скиделя до зимы 1944 года. Но 24 января их выследили в заброшенной хижине лесника возле хутора Константинова местные полицаи под руководством Яна Ашурки и Вацлава Якимчука. Евреи пытались сопротивляться и стреляли из окон, но погибли в неравном бою. За эту операцию полицейские Ашурка и Якимчук по требованию коменданта жандармерии Мюллера были награждены медалями.
 
Пепел Освенцима
 
Скидельское гетто было ликвидировано 2 ноября 1942 года. Детей и нетрудоспособных погрузили на подводы. Остальные члены еврейской общины следовали за ними пешком, удерживаемые веревками, которые евреи держали по периметру процессии. Еврейская община Скиделя, насчитывающая около 1230 человек, была отправлена в пересыльный лагерь Колбасино, расположенный к югу от Гродно. Люди покидали свою родину, чтобы никогда не вернуться.
В Колбасино община Скиделя присоединилась к евреям примерно из 22 других общин (около 22 000–28 000 человек), также депортированных туда. Евреи Скиделя были первой общиной, которую немцы выгнали из Колбасино на железнодорожную станцию Лососна для депортации в региональные лагеря смерти. Первый транспорт, перевозивший большую часть еврейской общины Скиделя, прибыл в лагерь смерти Освенцим 9 ноября 1942 года. Либо там, либо где-то ранее в пути некоторых евреев Скиделя, вероятно, заставили подписать открытки, адресованные пересыльному лагерю Колбасино, в котором они подтвердили, что прибыли благополучно, и отметили, что условия в новом лагере лучше, чем в пересыльном.
После депортации немецкая администрация в Скиделе распродала оставшееся там еврейское имущество, в том числе из гетто. Было собрано 23 236. 50 рейхсмарок в выручке.
На основании данных первой послевоенной переписи 1957 года в Скиделе насчитывалось 4 713 жителей. Из них евреев было только 28 человек.
 
Память о гетто не будет забыта никогда. В 2004 году на месте, где находилось гетто, был установлен мемориальный камень – валун, который напоминает о страшной трагедии Холокоста жителей Скиделя.